Ministria e Shëndetësisë mbështet realizimin e qëllimeve të përcaktuara në Strategjinë Shëndetësore të Kosovës, sipas planit strategjik 2005 -2015:

• Fillimi i shëndetshëm i jetës;
• Përmirësimi i shëndetit t ë të rinjëve;
• Përmirësimi i shëndetit mendor;
• Zhvillimi i resurseve njerëzore;
• Zvogëlimi i sëmundjeve ngjitëse.

Këto qëllime po ashtu, në mënyrë direkte kontribuojnë në arritjen e Qëllimeve Zhvillimore të Mileniumit.
Ndër prioritetet e MSh për periudhën 2005 - 2008 janë:

1.
Ofrimi i shërbimeve shëndetësore sipas principeve të përcaktuara nga politikat shëndetësore dhe Ligjin për shëndetësi, që do të kontribuojë në implementimin e standardeve në sektorin e shëndetësisë. Kjo do të mundësoj përmirësimin e qasjes së shërbimeve shëndetësore për të gjithë banorët e Kosovës duke përfshirë grupet etnike minoritare dhe të cenueshme si dhe të kthyerit. Kjo nënkupton menaxhim të mirëfilltë dhe aprovimin e statutit të institucioneve shëndetësore duke përfshirë nivelin primar, sekondar dhe terciar..

2.
Ministra do të mbështes aktivitetet e decentralizimit të shërbimeve shëndetësoreprimare në komuna, ashtu që të ruhet integritetit, kontinuiteti dhe kualiteti i shërbimeve shëndetësore, si dhe të konsolidohet qeverisja në sektorin shëndetësor.

3.
Do t'i kushtohet rëndësi e posaçme krijimit të një sistemi financiar të qëndrueshëm në shëndetësi, duke i vënë vëmendje të posaçme zhvillimit të një sistemi të unifikuar të informimit shëndetësor, që do të kontribuojë në ngritjen e kualitetit të shërbimeve shëndetësore si dhe motivimin e punëtorëve shëndetësor.

4.
Krijimi i strukturave për implementimin e Ligjit për shëndetësi , standardeve dhe normativave të përcaktuara nga Ministria e Shëndetësisë në sektorin publik dhe privat, do të jetë prioritet në programin e shëndetësisë për të gjitha nivelet e kujdesit shëndetësor duke përfshirë edhe gjendjet e jashtëzakonshme.

5.
Ministria e Shëndetësisë do ndërmerr aktivitetet për furnizim të rregullt dhe qëndrueshëm me barëra , material shpenzues, preparate imunobiologjike si dhe preparate për laboratorë dhe Hemodializë.

6.
Ministra e Shëndetësisë do t'i përpiloj dhe propozoj politika për trajtimin e pacientëve jashtë vendit, politika këto që po ashtu do të konsolidojnë zhvillimin e resurseve humane dhe kapitale vendore brenda resurseve financiare në dispozicion.

7.
Ministria e Shëndetësisë posaçërisht do të përkrah programet e Shëndetësisë Publike , duke përfshirë këtu edhe programet e edukimit shëndetësor, programet për kontrollin dhe sigurinë e ushqimit, ujit si dhe programet për mbrojtjen e ambientit (Ministria e Bujqësisë, Pylltarisë dhe Zhvillimit Rural, Ministria për Mbrojtjen e Ambientit dhe Planifikimit Hapësinor). Po ashtu do të përkrah riorganizimin dhe forcimin e rolit të IKSHP-së.

Për t'i realizuar këto prioritete MSh do të propozoj edhe formimin e kodeve dhe nën – kodeve të reja buxhetore të cilat do të përkrahin programet në kuadër të qëllimeve të sipër përmendura.